Microbiote

Les voies digestives contiennent une communauté microbienne diversifiée qui est principalement bactérienne et que l’on appelle « microbiote intestinal ». Les bactéries constituent l’élément le plus étudié, et les scientifiques en ont découvert plus de 1000 espèces dans l’intestin.

En taxonomie, les bactéries sont classées selon les phylums, les classes, les ordres, les familles, les genres et les espèces. Seuls quelques phylums sont représentées dans l’intestin, comptant pour plus de 160 espèces bactériennes.

Il existe d’importantes différences inter-individuelles en termes de présence ou d’absence des espèces bactériennes dans les voies digestives. Un certain nombre d’espèces très abondantes sont présentes chez la majorité des personnes d’une population, mais la composition globale du microbiote intestinal dépend de plusieurs facteurs.

Les phylums microbiens intestinaux dominants sont Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Proteobacteria, Fusobacteria et Verrucomicrobia, les deux phylums Firmicutes et Bacteroidetes représentant à eux seuls 90 % du microbiote intestinal. Le phylum Firmicutes est composé de plus de 200 genres différents, parmi lesquels Lactobacillus, Bacillus, Clostridium, Enterococcus et Ruminococcus. Le genre Clostridium représente 95 % du phylum Firmicutes.

Le phylum Bacteroidetes englobe des genres prédominants tels que Bacteroides et Prevotella. Le phylum Actinobacterium est proportionnellement moins abondant, et il principalement représenté par le genre Bifidobacterium. Les membres du phylum Firmicutes sont particulièrement efficaces pour décomposer les fibres indigestes de notre alimentation en glucides courts ou en molécules de sucres simples. Ceux-ci sont rapidement absorbés et stockés sous forme de dépôts de graisse. Un excès de Firmicutes signifie qu’il peut y avoir jusqu’à 12 % de calories absorbées en plus à chaque repas. Souvent, nos régimes alimentaires contiennent plus de sucre que ce dont notre corps a besoin. Les bactéries du phylum Bacteroidetes reconnaissent cet excès de sucre et encapsulent ces glucides inutiles directement dans l’intestin. De cette manière, le « surplus » peut être excrété via les selles. Il faut toutefois préciser qu’il n’y a pas de consensus sur ce dont est constitué un microbiote dit « bon pour la santé ».

Les principaux constats pour une association avec un état de bonne santé sont la richesse et/ou la diversité des espèces (le nombre d’espèces différentes et leur degré de différence dans un habitat spécifique), la résistance, la résilience et la stabilité au fil du temps (la capacité à résister à des changements externes, par ex. des traitements antibiotiques ou des régimes alimentaires déséquilibrés) et la richesse des gènes des microbes intestinaux. Le nombre de gènes microbiens dans l’intestin a été évoqué en tant qu’indicateur de bonne santé métabolique et globale. Par rapport à une infection bactérienne qui peut généralement être reliée à une seule espèce bactérienne (comme les infections à Escherichia coli, Salmonella ou Listeria monocytogenes), l’état d’intestin en bonne santé ne peut pas être lié à une seule espèce, mais dépend d’une concomitance de nombreuses bactéries dans une relation complexe et multiforme, chaque espèce ayant une fonction spécifique au service du reste de la population microbienne dans l’accomplissement d’autres fonctions, à l’image d’une chaîne d’assemblage.

Lorsque cet équilibre est perturbé, l’abondance de microbes bénéfiques est réduite, tandis que d’autres microbes non bénéfiques augmentent. Ce phénomène est généralement combiné avec une perte de richesse et de diversité des espèces.