Virome

Tous les virus doivent-ils être considérés comme « méchants » ?

Les scientifiques ont découvert que les virus influençaient fortement le microbiome, et que s’ils étaient correctement exploités, ils pourraient constituer une alternative potentielle aux antibiotiques. Les voies digestives de l’homme sont souvent examinées d’un point de vue bactérien, mais il convient de souligner que d’autres microbes apportent également des contributions fonctionnelles importantes. Nous sommes très centrés sur les bactéries lorsque nous considérons le microbiote intestinal, et seules quelques études ont examiné la composante virale (ou le virome).

« Virome » est le terme qui fait référence à l’ensemble du matériel génétique viral présent dans un échantillon. Les virus sont les entités biologiques les plus nombreuses sur la planète. Ils habitent divers environnements allant des océans au corps humain, en passant par les bouches hydrothermales.

Le virome est constitué des génomes des virus, et des efforts considérables sont déployés pour caractériser les génomes des virus et des bactériophages (également connus sous le nom de phages) chez l’homme. Il est un postulat selon lequel le nombre de gènes uniques codés dans le virome peut être immense, car il comprend non seulement ceux des virus qui infectent les cellules, mais également ceux des bactériophages, des rétrovirus, des mycovirus et de bien d’autres. Les chercheurs se sont historiquement concentrés sur les virus eucaryotes en raison de leur impact bien connu sur la santé humaine, notamment sur le virus de la grippe qui provoque des épidémies de grippe saisonnière et sur des virus aux conséquences dévastatrices sur la santé comme Ebola, le SRAS ou le récent COVID-19.

Cependant, de plus en plus de preuves laissent penser que les virus procaryotes (bactériophages) peuvent également avoir un impact sur la santé humaine, en affectant la structure et la fonction des communautés bactériennes qui interagissent en symbiose avec l’homme. Dans l’intestin humain en bonne santé, les bactériophages sont beaucoup plus abondants que les virus cellulaires animaux et prévalent dans le virome intestinal humain, où l’on constate une grande variabilité entre les différents individus ou au fil du temps chez un même individu.

Plus précisément, les bactériophages, c’est-à-dire les virus qui infectent des bactéries commensales, sont importants pour la modulation du microbiote, et leur utilisation a été proposée pour la modulation du microbiote par le ciblage de groupes commensaux spécifiques qui peuvent avoir un impact profond sur la réponse immunitaire au niveau de la muqueuse. Par exemple, comme les bactéries et les champignons, certains virus peuvent stimuler un faible niveau de réponse immunitaire. Pour ces raisons, des recherches supplémentaires permettront probablement d’élucider certains des effets du virome intestinal, non seulement dans les maladies de l’hôte, mais également dans la modulation bénéfique de la physiologie intestinale.

Le contrôle biologique, ou simplement biocontrôle, est une nouvelle théorie qui met en avant l’application de certains micro-organismes ou de leurs produits dans l’intestin ou d’autres organes humains pour réduire le nombre d’organismes indésirables. Exemple : l’administration d’un cocktail de phages spécifiques à Vibrio cholerae qui vise à protéger contre le choléra en réduisant à la fois la colonisation et les diarrhées cholériformes.

Ainsi, les virus procaryotes peuvent être perçus comme des régulateurs de la charge bactérienne et pourraient servir à l’avenir de moyen thérapeutique d’intervention, en tant que substituts biologiques aux traitements antibiotiques.