Mycobiome

Saviez-vous que des moisissures « amicales » résidaient dans notre intestin ? Saviez-vous que vous ingériez ces microbes quotidiennement avec des aliments ? Pensez un peu aux fromage de type « bleus » par exemple.

Par mycobiome, on entend les moisissures et les levures appartenant au règne des fongiques qui vivent en symbiose avec un hôte donné. Une cellule fongique est presque 100 fois plus grande qu’une cellule bactérienne, donc les champignons représentent une biomasse beaucoup plus importante que les bactéries. Les champignons sont omniprésents dans notre environnement et sont connus pour participer à des processus naturels et industriels, notamment à la production d’antibiotiques, de pain, de fromage et de boissons alcoolisées.

Sur les quelque 5 millions d’espèces différentes de champignons dans le monde, seules environ 300 sont régulièrement responsables de maladies chez l’homme. Ces chiffres laissent penser que la plupart des champignons qui habitent l’intestin humain restent sous-explorés. Tout d’abord, les champignons peuvent être présents dans des niches associées à l’homme en abondance beaucoup plus faible par rapport aux bactéries, lesquelles sont abondantes dans toute la voie entérique, sur la peau et dans le vagin. Le mycobiome, qui fait principalement référence à la composante fongique du microbiome, comprend moins de 2 % du total des micro-organismes intestinaux et fait partie intégrante des voies digestives. Selon plusieurs rapports, les champignons détectés dans l’intestin sont associés à des aliments : le genre Debaryomyces provenant d’aliments fermentés à haute teneur en sel, le genre Penicillium de fromages bleus et le genre Saccharomyces de la consommation de levures contenues dans des aliments fermentés crus.

En fait, il a été démontré que la quantité de Saccharomyces dans l’intestin humain diminuait jusqu’à être indétectable en cas de suivi d’un régime sans Saccharomyces. En outre, l’une des espèces fongiques associées à l’homme les plus fréquemment signalées appartient au genre Candida. Le rôle de Candida dans l’intestin humain est controversé, mais il faut souligner que les membres du genre Candida ne peuvent pas tous être considérés comme des « méchants ». Une abondance de Candida, dont il s’avère qu’elle est fortement associée à l’ingestion de glucides, a été constatée dans l’intestin d’individus sains, avec le genre Penicillium, et a montré des activités anti-inflammatoires et insulino-sensibilisatrices.

La recherche montre que la diversité des champignons dans l’intestin est inférieure à celle des bactéries. Par contre, on ne sait pas clairement si certains champignons provenant de la consommation d’aliments demeurent à résidence ou sont seulement de passage.