Le microbiote en début de vie

Dans quelle mesure notre premier contact avec les microbes est-il important ?

Le « premier contact » entre les microbes et leur hôte représente un jalon critique dans le développement humain, au moment où les fondations de la santé tout au long de la vie sont établies. Perturber ces écosystèmes microbiens précoces a des conséquences, tant à court terme qu’à long terme, que nous allons découvrir ici.

Saviez-vous que le microbiome maternel change pendant la grossesse ?

La grossesse est l’occasion de grands bouleversements, avec des variations des taux d’hormones et des changements au niveau du système immunitaire et du métabolisme, en lien avec le développement du fœtus. Le microbiome maternel évolue également au cours de la grossesse. Dans l’intestin, on observe une réduction de la diversité des microbes présents, mais une augmentation de certains, notamment de bactéries bénéfiques comme celles du genre Bifidobacterium, dont la croissance pourrait être favorisée par les hormones de grossesse.

Dans le vagin, les espèces protectrices du genre Lactobacillus dominent, avec une quantité accrue pendant la grossesse de certaines espèces comme Lactobacillus crispatus. Certains facteurs tels que les antibiotiques, le régime alimentaire, le diabète gestationnel et l’indice de masse corporelle avant la grossesse peuvent modifier encore davantage le microbiome. Ces facteurs peuvent avoir des conséquences tels que des naissances prématurées ; par exemple, la prise d’antibiotiques pendant la grossesse a été associée à 25 % des accouchements prématurés.

Quelle est l’origine du microbiome du nourrisson ?

La transmission de microbes de la mère à son nourrisson représente un événement important « d’ensemencement » pour l’établissement du microbiome en début de vie, car dans l’utérus, les nourrissons en devenir sont particulièrement protégés de l’exposition aux microbes.

D’où viennent ces premiers microbes chez les bébés ?

Pendant la naissance et juste après, le nourrisson est rapidement exposé à et colonisé par des bactéries, des champignons et des virus, qui peuvent s’installer pour de courtes durées ou rester longtemps. La voie d’accouchement joue un rôle significatif dans la détermination de cette « inoculation » initiale. Les nourrissons nés par césarienne présentent une composition bactérienne intestinale évoquant davantage celle qu’on attendrait du microbiome cutané (par ex. des bactéries du genre Staphylococcus), et ils semblent également avoir des taux relativement élevés de microbes associés à l’hôpital tels que ceux des genres Enterococcus et Klebsiella.

Pour leur part, les bébés nés par voie basse sont colonisés par des bactéries telles que Bifidobacterium et Bacteroides. Des travaux récents indiquent que celles-ci proviendraient du microbiote intestinal de la mère et seraient donc potentiellement acquises pendant le processus d’accouchement (par contamination via le microbiote fécal de la mère). Après la naissance, d’autres membres de la famille proche (et même des animaux de compagnie !) peuvent également agir comme sources de microbes. La colonisation par ces premiers microbes intervient dans le même temps que le développement rapide du système immunitaire, et des études antérieures ont associé la naissance par césarienne à un risque accru de maladies de type allergique, notamment d’asthme et de dermatite atopique.

Comment le microbiome du nourrisson se développe-t-il ?

Le microbiote de début de vie évolue et se développe constamment jusqu’à 2-3 ans, âge auquel nous commençons à avoir une communauté microbienne adulte relativement stable. En plus d’une meilleure diversité bactérienne, nous voyons également apparaître ce que l’on appelle un « virome », ainsi que des changements au niveau des champignons présents, par exemple Candida. L’un des principaux facteurs qui façonne le microbiote en début de vie est le régime alimentaire. L’allaitement au sein est associé à des taux élevés de Bifidobacterium, tandis que l’alimentation au lait infantile favorise une plus grande diversité de microbes, mais une réduction du taux global de Bifidobacterium.

Comment s’expliquent ces grosses différences ? Le lait maternel contient des sucres appelés oligosaccharides du lait maternel (HMO pour Human Milk Oligosaccharides) qui ne peuvent être digérés que par certains microbes, notamment par Bifidobacterium. Par conséquent, le lait maternel favorise la croissance de Bifidobacterium et permet à ce groupe bénéfique de bactéries de prendre le dessus sur d’autres microbes potentiellement pathogènes.

Autre facteur qui façonne le microbiome du nourrisson : les antibiotiques, notamment chez les nourrissons recevant au moins 3 cures d’antibiotiques avant l’âge de 1 an. Pour le microbiome en début de vie, il s’agit d’une période où les antibiotiques peuvent avoir un impact « surdimensionné » et négatif.

Les antibiotiques sont essentiels pour lutter contre les pathogènes bactériens dangereux, mais ils ne font pas de distinction entre les mauvaises et les bonnes bactéries. Des études laissent entendre que l’utilisation d’antibiotiques à un très jeune âge peut fortement réduire la variété de microbes présents dans l’intestin du nourrisson (tels que Bifidobacterium), et que cela pourrait être relié à l’incidence croissante de maladies intestinales chroniques telles que les maladies inflammatoires de l’intestin.

Restaurer le microbiome de début de vie

Donc, si nous pouvons perturber le microbiome du nourrisson en développement, pouvons-nous ramener les microbes qui ne sont pas présents ou qui le sont à faible taux ? Une approche simple est souvent employée chez les nourrisson : la supplémentation en probiotiques. Traditionnellement, les membres des genres Lactobacillus et Bifidobacterium sont utilisés, mais il n’existe actuellement aucun probiotique entièrement homologué, car les preuves scientifiques ne sont pas encore assez solides.

Cependant, dans certains cas, l’utilisation de probiotiques est un succès avéré, comme chez les nourrissons prématurés par exemple. Ces bébés à risque présentent souvent des taux très faibles de Bifidobacterium par rapport aux nourrissons à terme, et il a été démontré que la supplémentation modulait positivement le microbiome intestinal et réduisait l’incidence d’infections graves. Parmi les autres options figurent l’alimentation avec du lait maternel provenant d’un lactarium si le lait de la mère biologique n’est pas disponible, et la supplémentation des préparations infantiles avec des sucres de lait maternel spécifiques, même si cette solution ne reproduira jamais complètement l’aliment idéal qu’est le lait maternel entier.

L’image suivante présente un résumé de ce que nous savons actuellement des facteurs influençant l’établissement du microbiome néonatal (Cliquer pour agrandir)

Auteur : Dr Lindsay J Hall