Quelles bactéries vivent dans notre intestin ?

Lactobacilles, bifidobactéries, staphylocoques… de quoi s’agit-il ?

Notre microbiote intestinal est composé de différentes espèces de bactéries, toutes en concurrence pour les ressources : nourriture et « espace de vie ». Certaines de ces bactéries produisent des produits métaboliques qui « aident » réellement notre corps, tandis que d’autres peuvent occasionner des altérations.

Même chez les personnes en bonne santé, les « bonnes bactéries » n’englobent pas la totalité des microbes vivant dans notre intestin. En outre, les différentes parties de notre système digestif contiennent des bactéries différentes, car les conditions environnementales varient considérablement.

L’estomacconstitue un environnement très défavorable aux organismes étrangers, en raison de son acidité et de la présence d’enzymes digestives. Malgré cela, il héberge une vaste communauté de bactéries différentes. Certaines d’entre elles ont été mentionnées dans les vidéos précédentes : les phylums Proteobacteria, Firmicutes, Actinobacteria et Bacteroidetes. Ces phylums comprennent des centaines d’espèces différentes pouvant s’établir dans l’intestin, et il y a une inhomogénéité spatiale frappante de leur répartition.

Par ailleurs, le microbiote de l’estomac n’est pas statique : chaque jour, nous ingérons plus de dix milliards de nouvelles bactéries, qui appartiennent ou non aux mêmes espèces que celles qui cohabitent déjà avec nous.

Cependant, l’une des bactéries que l’on trouve couramment dans l’estomac porte un nom bien connu, même en dehors de la communauté des chercheurs : Helicobacter pylori. Si le fait d’héberger cette bactérie devait être considéré comme une maladie, alors près de la moitié du monde serait malade ! Mais peut-on la considérer seulement comme une bactérie pathogène ?

La réponse est peut-être. Cette bactérie est contagieuse, elle est incriminée dans de nombreuses pathologies des voies digestives supérieures comme la gastrite et les ulcères peptiques, et sa présence est liée à un risque accru de cancers. Cependant, avoir cette bactérie dans l’estomac n’est pas une maladie en soi, et chez beaucoup de personnes, elle trouve un environnement de niche dans l’estomac sans causer aucune pathologie. En fait, la recherche de la présence de cette bactérie n’est pas effectuée systématiquement, et les traitements visant à l’éliminer ne sont généralement pris que lorsque d’autres symptômes se développent.

En outre, certains chercheurs comme Martin Blaser, directeur du Human Microbiome Program à l’Université de New York, pensent que Helicobacter pylori pourrait en réalité avoir un rôle utile, en aidant par exemple à réguler l’acidité de l’estomac, et que son éradication pourrait aggraver des pathologies telles que le reflux gastro-œsophagien.

Qu’en est-il du gros intestin et de l’intestin grêle ?

L’intestin grêle contient une population microbienne relativement moins diversifiée, et la diversité semble augmenter à mesure que nous nous dirigeons vers le système digestif inférieur. Nous pouvons ici trouver Bacteroidetes ainsi que d’autres bactéries qui n’utilisent pas d’oxygène, c’est-à-dire anaérobies. Parmi ces bactéries figurent les streptocoques, Clostridium et les entérobactéries.

Dans le gros intestin, on retrouve à l’inverse un microbiote diversifié, composé de milliers de bactéries différentes. Comme dans les parties précédentes des voies digestives, nous pouvons voir la présence de Bacteroidetes, ainsi que de Firmicutes.

Qu’en est-il d’autres bactéries connues pour leurs propriétés pathogènes ou parce qu’elles sont contenues dans des compléments probiotiques ? Les lactobacilles, les bifidobactéries et un pathogène connu, le staphylocoque doré, sont présents dans des concentrations relativement importantes.

Il est une autre bactérie que l’on trouve dans l’intestin et qui est souvent incriminée dans les contaminations d’aliments et les rappels de produits : Escherichia Coli. Pour autant, les souches de cette bactérie ne provoquent pas toutes des symptômes gastro-intestinaux : de nombreuses souches sont inoffensives. Elles peuvent en vérité nous être utiles en synthétisant des vitamines, comme la vitamine K2, que nous pouvons ensuite absorber et utiliser.

Connaître le nom d’un phylum bactérien ou les genres bactériens qu’un aliment ou un complément contient n’est souvent pas suffisant pour déterminer si les bactéries nous seront utiles, ni même si elles survivront dans notre système digestif.
Les études précisent généralement la souche exacte des bactéries présentes chez les sujets d’un groupe donné ou qui sont utilisées dans une certaine intervention.

Compte tenu de la grande variabilité constatée dans notre estomac, les généralisations trop larges peuvent nous induire en erreur et nous conduire vers des aliments, ou des compléments, dont l’efficacité n’est pas prouvée.